Tugas lembaga penelitian adalah  menyelenggarakan pembinaan dan pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni sesuai dengan yang digariskan oleh Universitas.
Lembaga penelitian memiliki beberapa pusat penelitian yang bertugas untuk merencanakan, melaksanakan, dan mengkoordinasi pelaksanaan kegiatan penelitian di Universitas Trisakti antara lain :

1. Pusat Penelitian Perkotaan (center for urban studies)
2. Pusat Penelitian Lingkungan Hidup ( Center for environment studies).
3. Pusat Penelitian Pengembangan dan Penerapan Teknologi (Center for science and Technology and applied Industrial Studies).
4. Pusat Penelitian Pengembangan dan Penerapan Teknologi (Center for community and Population Studies).
5. Pusat Penelitian Pengmbangan Universitas (Center for Education Development Studies).
6. Pusat Inovasi dan Pemanfaatan Sumber Daya (PIPSD).
7. Pusat Pengelola Sumber Daya Ipteks (PPSD Ipteks).

Selain itu, dibentuk Dewan riset Universitas yang merupakan bagian dari lembaga Penelitian yang bersifat fungsional, yang bertugas antara lain adalah memantau dan menilai pelaksanaan kegiatan penelitian di Universitas Trisakti serta ikut mengusahakan dan mengendalikan administrasi sumber daya yang diperlukan.