Pataka Universitas Trisakti berwarna biru tua, yang ditengah tengahnya menggunakan logo Universitas Trisakti.

Berdasarkan statuta Universitas Trisakti tahun 1965 logo Universitas Trisakti adalah sebuah trisula ( sebuah senjata mitologi tradisional ) dalam warna hitam yang melambangkan tridharma perguruan tinggi yang meliputi pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang bertumpu diatas lima kaki yang berwarna hitam melambangkan pancasila dasar negara Indonesia.

Setiap fakultas dilingkup Universitas Trisakti mempunyai pataka masing-masing yang ditengah tengahnya menggunakan logo Universitas Trisakti dalam warna dasar yang berbeda beda.

Warna warna pataka masing masing fakultas adalah:

• Fakultas Hukum menggunakan warna merah,
• Fakultas Ekonomi menggunakan warna kuning,
• Fakultas Kedokteran menggunakan warna hijau,
• Fakultas Kedokteran Gigi menggunakan warna ungu,
• Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan menggunakan warna biru
• Fakultas Teknologi Industri menggunakan warna biru muda,
• Fakultas Teknologi Kebumian dan Energi menggunakan warna biru tua,
• FALTL menggunakan hijau muda,
• FSRD menggunakan warna hijau tosca,
• Pascasarjana menggunakan warna oranye kecoklatan.
• tambahan